По преданию, монастырь был основан греками-моряками, застигнутыми во время страшной бури среди опасных скал побережья. Видя неминуемую гибель, путешественники вознесли горячие молитвы к святому Георгию Победоносцу. Святой, услышав мольбу моряков, явился им на большом камне недалеко от берега, и буря в тот же час утихла. На камне том была обретена икона святого Георгия.
В знак благодарности за спасение от погибели моряки устроили в скале пещерную церковь и поставили чудотворную икону, некоторые из них стали жить при храме постоянно и положили основание обители. Произошло это чудесное спасение в 891 году.
С XI века монастырем управляли херсонесские епископы. В XIII веке эти земли заняли татары, а позднее — генуэзцы. К началу XVIII века из в Крыму сохранилось только четыре православные обители: Святого Петра и Святого Георгия в Кафе, Георгиевский монастырь на мысе Фиолент и Бахчисарайская Успенская обитель. А уже вступивший в управление Таврической епархией архиепископ Иннокентий (Борисов) в 1848 году застал действующим лишь один монастырь — Георгиевский близ Балаклавы.
В ходе Крымской войны (1853-1856 гг.) в Севастополе были разрушены все без исключения церковные постройки. Сохранился только Георгиевский монастырь!
До 1794 года обитель находится под управлением Константинопольского патриарха, а с 1794-го(после соединения Крыма с Россией) им управляли уже по указам Святейшего Синода.
С 1803 по 1837 года Крым входил в одну большую епархию — Екатеринославскую, Херсонскую и Таврическую.
Балаклавский Георгиевский монастырь стал местом пребывания духовенства для молодого Черноморского флота.
С 1 декабря 1813 года увеличили число штатных иеромонахов, а Георгиевский монастырь называться флотским.
Корабли Черноморской эскадры, отправляясь в крейсерство и проходя мимо монастыря, салютовали пушечными выстрелами, а монахи провожали их колокольным звоном и молились о благополучном плавании.
Священнослужители монастыря принимали участие во всех боевых действиях Черноморского флота, балаклавские монахи несли службу и в Кавказских флотских экипажах, крепостях, фортах и укреплениях: Геленджик, Гагры, Святого Духа, Бомборы, Пицунда, Новотроицкое, Михайловское, Лазаревское и других.
Указом от 28 ноября эти священнослужители «за примерное благочестие, с которым ободряли раненых на кораблях 18 ноября во время боя при Синопе» были награждены золотыми наперсными крестами на Георгиевской ленте.
В 1837 году начался сбор средств для строительства нового Крестовоздвиженского храма, он был построен и освящен в 1850 году. Неоценимую помощь в строительстве оказали новороссийский генерал-губернатор князь Воронцов, митрополит Московский Филарет и главный командирЧерноморского флота и портов Лазарев.
В 1837 и 1842 годах было построено два двухэтажных жилых корпуса для братии, новая трапезная. С 1847 по 1849 годы для богомольцев на скале были построены два дома.
Благодаря стараниям адмирала Лазарева в 1850 году Морское ведомство отвело Георгиевскойобители землю на улице Большой Морской для устройства подворья и храма (в 1892-м годумонастырь отказался от этого участка в пользу городского духовенства, и в 1905-м году тампостроили Покровский собор).
В 1851 году построили новую гостиницу для паломников, а для офицеров Черноморского флота — уютные флигеля.
14 сентября 1854 года англо-французские войска заняли монастырь — обитель была в плену 1 год и 11 месяцев. Впрочем, вреда настоятелю и братии они не причинили. Службы в обители не прерывались даже в этот период. Ежедневно за победу русского оружия молились 12 монахов,оставшихся в обители. Остальная братия защищала город. Иеромонахи Балаклавского Георгиевского монастыря исполняли свой пастырский долг на бастионах Севастополя.
14 сентября 1891 года состоялось торжественное богослужение, была привезена чудотворная икона, явленная в год основания обители и увезенная митрополитом Игнатием в 1779 году в Мариуполь.
Икону перенесли в Крестовоздвиженскую церковь, в которой находилась и другая, доставленная к этому дню, святыня — ковчежец с частицей мощей равноапостольного князя Владимира (обычно мощи хранились в Херсонесском монастыре).
17 октября 1898 года монастырь посетили император Николай II с императрицей. Государь принялучастие в закладке соборного храма Вознесения Господня, в память избавления от опасности,грозившей ему в Японии в 1891 году, и в честь 1000-летия монастыря. Собор предполагали построитьс тремя приделами: главным — Вознесения Господня и двумя боковыми — в честь небесныхпокровителей царской четы — святителя Николая Чудотворца и святой мученицы Александры.
После приветствия владыки императорская чета направилась в пещерный храм РождестваХристова, где настоятель отслужил молебен.
В ноябре 1891 года игуменом Никандром было установлено неусыпное чтение Псалтири. Оноосуществлялось в пещерном храме Рождества Христова.
Прочитав кафизму, игумен предложил всей старшей братии, иеромонахам и иеродиаконам, в таком же порядке прочитать по кафизме. Отец Никандр избрал из среды братии шесть старцев и сказал им: «За святое послушание читайте неусыпаемо Псалтирь день и ночь, чередуясь и сменяясь через два часа, и поминайте благотворителей святыя обители сея».
С началом Первой мировой войны (1914-1918) в море ушли военные корабли, а с ними иприписанные к ним иеромонахи. В 1915 году в Георгиевском монастыре сооружают лазарет на 25человек.
15 мая 1916 года Георгиевскую обитель вновь посетил император Николай II с августейшим семейством. На этот раз его встречали всем монастырем. У входа в тоннель наместник — архимандрит Нафанаил преподнес императору икону святого великомученика и Победоносца Георгия.
19 июля в монастыре освятили храм в честь еще одного святого воина — великомученика Димитрия Солунского.
В 1929 году монастырь был ликвидирован и передан курортному тресту. Вся церковная утварьбыла разграблена, Георгиевский храм разрушен и сброшен со скалы, а на его месте сделанатанцплощадка. Крест со скалы Явления сбросили в море.
В советские военные годы в монастырских корпусах располагались курсы для офицеров и госпиталь Красной армии. Поле, на котором был заложен соборный храм, стало местом упокоения для многих воинов, оборонявших Родину от немецко-фашистских захватчиков.
14 сентября 1991 года, в день Воздвижения Честного и Животворящего Креста Господня, в честь 1100-летия со дня основания монастыря, на скале Явления святого Георгия вновь был установлен крест.
6 мая 1993 года отслужена первая после разрушения Божественная литургия. На торжественномбогослужении присутствовали командующий флотом Э. Балтин, начальник штаба флота П. Святашов, представитель президента в Севастополе И. Ермаков.
В 1994 году часть бывшей территории обители была возвращена Церкви.
В ходе восстановительных работ на плато был найден и вновь установлен камень закладки соборного храма Вознесения Господня.
Регулярные службы в монастыре начались с 7 апреля 1996 года, на праздник Благовещения Пресвятой Богородицы.
В 2000 году была восстановлена часовня Иверской иконы Божией Матери. 26 октября того же года, в день празднования Иверской иконы Божией Матери совершено освящение часовни имолебен с чином закладки Свято-Георгиевского храма.
Сейчас вновь восстановлен Свято-Георгиевский храм, налаживается духовная жизнь, ведутся работы по благоустройству территории монастыря, насельники духовно окормляют прихожан и военнослужащих.
